自己编译软件

理想情况下，大部分软件应该由root账户用包管理器安装在系统公共shell配置文件设定的环境变量中(一般是/etc/bashrc, /etc/bash_profile中所指定的$PATH，$LD_LIBRARY_PATH等)，比如Python3、R 4.x、高版本的GLIBC库等。当然以考古著称的CentOS，情况并不理想。

又因为不会为module安装新的软件，所以很多时候，同学们需要自行安装一些软件在自己的用户目录下。一般正规的软件会以两种方式发布，一种是需要用户自行编译的源代码（source code），一种是已经由作者编译好可以直接运行的二进制程序（precompiled）。这里说的软件都是指由C/C++等编译型语言编写的程序，没有依赖模块/包的Python、Perl、R脚本文件并不属于此，但Python、Perl、R的解释器属于此讨论范围。

由作者编译好的二进制程序，往往采用动态编译的方式，运行时需要能在环境变量中找到各种动态库文件（像是类似于glibc 2.27 not found in /usr/lib64/libc.so.6这样的东西）。至于静态编译，可以参考手机上的App，体积巨大、自带运行环境、互相隔离、可独立运行，当然实际上和静态编译并不一样。由于作者们往往使用比较新的开发环境，比如最新的Ubuntu和最新的GCC编译器，经由其动态编译出的二进制程序，无法在古老的CentOS上运行。所以最终，用户有必要自行编译程序在自己的用户目录下。

编译步骤

一般比较规范的软件源代码，已经生成了configure文件在源代码根目录下，运行configure文件就会指定程序将要安装的位置、所使用的编译器、动态库的目录、软件可选功能的开关等等，运行结束后会在源代码根目录下生成makefile文件。makefile文件是make命令的输入文件，能够按照configre命令的配置，执行具体的编译工作，将各种.c的源代码带上参数编译为.o的二进制文件。一般来说configure能正常通过的时候，make也不会有问题，make命令完成编译后，程序已经在源代码目录下生成了可以正常执行的二进制程序，比如会多出一个dist目录，里边存放有/bin, /lib64, /share等。再执行make install命令，会将编译好的程序在一开始configure指定的安装目录下重新组织一份（本质上就是对编译好的文件各种cp与mv）。

以上是规范软件的编译安装流程，即

configure --prefix=XXX --disable-XXX --···
make -j 1/2/4/8/16···
make install

这样的配置（configure）、编译（make）、安装（make install）三步。

常见槽点

configure时把prefix指定到源代码所在的目录；
源代码的压缩包和解压后的目录不删除；

所有支持make install的规范软件，都应该做到源代码和可执行代码分离，源代码解压到任意位置