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简单易用的module工具

  • 集群上配置了 module 工具，可以由管理员统一为大家安装各种软件和数据库，避免重复安装或安装没有 权限的问题，可以通过填写在线表格申请统一安装到 module 服务中：https://docs.qq.com/sheet/DSGRvQ01nZkl3a2Vl?tab=BB08J2
  • 鉴于目前 /home 和 /data 的容量都较为有限，并且由于分布式存储的特点，/home目录下删除文件效率>非常低，如果是删除、迁移大文件都会直接导致整个登录节点的严重卡顿，希望大家在安装大型软件和数据库之前提前查 看集群是否已经安装过；

让module命令可用

把第13行放在shell配置文件非常靠前的位置（一般大家用的都是bash，对应~/.bashrc），conda和自己的各种$PATH都要放在这一行的后边。这样就引用了module工具的各种环境变量。

  1 # .bashrc
  2 
  3 # Source global definitions
  4 if [ -f /etc/bashrc ]; then
  5     . /etc/bashrc
  6 fi
  7 
  8 # Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:
  9 # export SYSTEMD_PAGER=
 10 
 11 # User specific aliases and functions
 12 
 13 source /software/modules/init/bash
 14 
 15 # >>> conda initialize >>>

module命令

module av：查看当前可用的软件

module load mpich/3.2.2-gcc: 跟上列举出来的某一个软件名和版本号就可以直接使用

module unload mpich/3.2.2-gcc : 卸载某个软件

module purge : 清除所有已经加载的软件

module list：查看目前已经引用的软件

module purge：清空已经引用的软件

module show modulefile：列出某个软件modulefile里的内容

module swith|swap [modulefile_old][modulefile_new]：在不同的软件版本之间切换

注意事项

有的用户自己的~/.bashrc等文件内有自己写入的环境变量，使用module载入系统装好的软件时，载入的环境变量可能会与自己已有的环境变量产生冲突，导致载入的软件不可用，此时需要注释掉自己的环境变量。典型例子，载入需要perl支持的软件时如RepeatMasker，如果自己的用户环境内已经有了perl相关的环境变量，可能会因为两个不同版本的perl之间的冲突导致软件不可用，此时需要注释自己的perl的相关环境变量。